Film, İkinci Dünya Savaşı’nın kargaşalığı içinde geçen bu hikayeye küçük Mahito’nun hüzün dolu serüveniyle başlıyor. Mahito, annesinin ani ve trajik ölümünden sonra babasının yaşadığı taşra kasabasına taşınmak zorunda kalır. Ancak annesinin kaybı, onun içinde derin bir boşluk bırakmıştır. Yeni çevresine uyum sağlamakta zorlanan Mahito, günlerini terk edilmiş bir kule çevresinde dolaşarak geçirir. Ancak bu süreçte içindeki boşluğu dolduramaz. Her seferinde kuleyi çevreleyen gri bir balıkçıl kuşu fark eder ve bu kuşun sıradan olmadığını anlar. Gri balıkçıl kuşu, Mahito’yu bilinmeyen bir dünyaya doğru ilerlemeye teşvik eder. Mahito, kendisini beklenmedik ve büyülü maceraların içinde bulur, çevresindeki dünyanın göründüğünden çok daha farklı olduğunu keşfeder.