Kobo’nun ihanetine uğrayarak kendi soyundan büyük kayıplar yaşayan Sezar, ilk filmin ardından insanlığın barışa yanaşmadığını anlar ve savaşa hazırlıklı olur. Üç yıl sonrasındaki “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” Sezar’ın liderliğindeki maymunların önceki olayların ardından karşı karşıya kaldığı çetin savaşı konu alır. Sezar, savaşı istemez ve barışı savunmaya çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları ortadan kaldırmak için her türlü yöntemi kullanır. Ancak Sezar, Albay’a boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma yükseldikçe, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, hayatta kalma mücadelesi verirken aynı zamanda özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalimce taktikleri ve Sezar’ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın kaderini belirleyecek büyük bir yüzleşmeye evrilir. Şimdi, maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini belirleyecektir.